Η ομάδα της Κομοτηνής πανηγύρισε την πρώτη του νίκη στη Super League κόντρα στον Πανιώνιο, χωρίς ωστόσο να έχει καταφέρει να τον κερδίσει εκτός έδρας.
Στη Νέα Σμύρνη μετράει 4 ήττες και 1 ισοπαλία, σε σύνολο 5 αγώνων πρωταθλήματος.
Πιο συγκεκριμένα, τη σεζόν 2008-2009, την πρώτη του Πανθρακικού στη μεγάλη κατηγορία, οι «πράσινοι» είχαν αρχίσει το πρωτάθλημα με ήττες από Εργοτέλη, Παναθηναϊκό και ΠΑΟΚ και ισοπαλία με τον Ηρακλή στη Θεσσαλονίκη, ενώ στο πλαίσιο της 5ης αγωνιστικής υποδέχθηκαν στο ΔΑΚ τον Πανιώνιο και κατέκτησαν την παρθενική νίκη στη Super League, χάρη στο γκολ του Λουντοβίκ Κλεμάν στο 78ο λεπτό, με απευθείας εκτέλεση φάουλ.
Ακολούθησαν τα επόμενα χρόνια 5 σερί ήττες από την ομάδα της Νέας Σμύρνης, σε ισάριθμους αγώνες εντός κι εκτός έδρας, για να φτάσουμε στην αγωνιστική περίοδο 2013-2014, όταν ο Πανθρακικός, αρχικά, απέσπασε ισοπαλία με 1-1 στην «Πλατεία», με τον Ίγκορ να σημειώνει το γκολ της ομάδας, ενώ στο δεύτερο γύρο γράφτηκε στην ιστορία ως μια από τις πιο ευρείες νίκες στην Κομοτηνή, το τελικό 4-1 επί των «κυανέρυθρων». Για την ομάδα του Άκη Μάντζιου, που ήταν τότε στον πάγκο, τα γκολ είχαν πετύχει οι Ρομέου, Ίγκορ, Χασομέρης και Τζάνης. Τέλος, πέρυσι, ο Πανθρακικός στον πρώτο γύρο επικράτησε με 1-0 του Πανιωνίου, με τον Ίγκορ Ντε Σόουζα να εκτελεί εύστοχα το πέναλτι που είχε κερδίσει ο Χοσέ Μαρία Κάσες, ενώ στο δεύτερο γύρο το γκολ του Τζάνη δεν ήταν αρκετό για να αποτρέψει την ήττα με 2-1.
Συνολικά, σε 10 παιχνίδια από το 2008 κι ύστερα, στις 5 σεζόν του συλλόγου στη Super League, ο Πανθρακικός με αντίπαλο τον Πανιώνιο μετράει 3 νίκες, όλες στο ΔΑΚ Κομοτηνής, 1 ισοπαλία την αγωνιστική περίοδο 2013-2014 στο γήπεδο της Νέας Σμύρνης και 6 ήττες.